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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已信息显示出广泛应用的微生物活性酶，有抗淋巴肿瘤和抵抗疾病毒功用。大部分，三萜是完成甲羟戊酸手段合并的，并从纯天然植被和病菌中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析整形论文。该探析得知三萜类类化合物野生灵芝粉酸（GA）是进行液滴提升的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转变成出现的。借助转录组和核淀粉酶组学技艺进的一步摸索无柄虫草菌丝体中DHT出现三种虫草酸（GA）的制度化，并据两组学技艺验测到的差别的基因遗传和差别的核淀粉酶，预测未来DHT 怪物合成视频 GA 的方式。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和工作种类

利用对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体去转录组测序共得见67230个转录本和14293个单染色体遗传。在他们单染色体遗传中，49两个被亲子鉴定为差别把你想形容出来染色体遗传（DEGs），这之中213个把你想形容出来上涨，279个把你想形容出来降低（图1A）。GO聚集浅析后，DEGs分成生物学环节（BP）、受损上皮细胞因素（CC）和大分子工作（MF）3类。在BP门类中，现身了前多个子门类：四环素吸附分解环节，乙酸盐分解环节和甲酸盐分解环节;而在CC门类中，受损上皮细胞外区、突触符合体、突触格局是前多个亚类。而对于MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、硫化复原酶生物和酸氨（或酰胺）对接酶生物是前多个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG数据信息通道浅析中，前30条聚集度高达的数据信息通道中含27条隶属于分解，这之中甲烷气体分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解数据信息数据信息通道偏态聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和工作分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

借助对无柄野生灵芝真菌感染菌丝体开始淀粉酶质组学概述，总计有确实了16,457种独具特色肽、2606种淀粉酶质和2588种酶联免疫法淀粉酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求标准下，我在这2606种淀粉酶质中，94种被鉴定费为差距展示淀粉酶（DEPs），另外52种调涨，42种降低（图2A），图2C表明了差距展示淀粉酶的聚类算法概述热图。从GO概述而言，BP种类表明，越多越是数DEPs参与的醋酸钠盐新陈基础新陈代谢率转化操作流程、抗生素类使用溶解新陈基础新陈代谢率转化操作流程和药物剂量使用溶解新陈基础新陈代谢率转化操作流程。CC类DEPs在人体神经元核外区、过腐蚀反应物酶体和微体中占有率是最低的，腐蚀反应复原酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的的比例是最低的（图2B）。与转录组效果相像，KEGG径路概述表明，不少DEPs在新陈基础新陈代谢率转化中聚集，另外3条最聚集的方式是光合怪物体中的碳一定、碳新陈基础新陈代谢率转化和MAPK数字信号径路（图2D）。不但，借助概述GO统计数据库查询的CC对DEPs开始亚人体神经元核分享概述和注音（图2E），DEPs大部分的生长在人体神经元核质（40.66%）、人体神经元核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），方法论上是GAs怪物体合出的大部分的部位。

图2|蛋清质组的按量概述和特点认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物应用和对比组获选DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个的差异表现dna（图3A）。对转录组和高蛋清质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs做聚类分享分享，发觉mRNA和高蛋清质两者相互有16个上浮dna和6个变动dna，DEGs及其译文资料的DEPs表现的水平呈正有关系，依托于Pearson的有关系弹性系数分享，在转录组和高蛋清质组两者相互检侧到比较较高的有关系性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测结局显现，E组和C组19个DEGs的传达情况差异性相关性，这当中9个为调涨DEGs，8个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达潮流与转录类物质析结局不同。

图3|球高蛋白组的按量分折和用途认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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